1937 yılında şimdiki Paşa Konağı olan ahşap ve tarihi binada Gemlik Ortaokulu olarak hizmete başlayan  1965 yılında yaptırılan yeni binasına taşınırken lise sınıfları da ilave edilen Gemlik Lisesi'nin 52 yıllık eskiyen ve depreme dayanıklı olmadığı ifade edilen binası yarıyıl tatilinde yıkıldı.

Gemport tarafından Şubat 2012 yılında yapımına başlanıp kaba inşaatı tamamlanan yeni binanın 2014 yılından sonra yarım kalan inşaatının tamamlanma işini Bursa Valiliği üstlendi.

Bursa Valiliği Yatırım İzleme ve Koordinasyon Başkanlığınca yapılan ihale süreci itirazlar ve eksik belgeler gibi nedenlerle bir kaç kez ertelenmişti. 12.06.2015 tarihinde yapılan son ihaleye itiraz süresinin dolumu ve yer tesliminin ardından Gemlik kamuoyunun uzun zamandır beklediği inşaata 2015 Temmuz ayı sonlarına doğru yeniden başlandı. Önceki ihalelerde işin bitim süresi 190 gün olarak belirtilirken yaşanan gecikmeler göz önüne alınarak son gerçekleştirilen ihalede işin bitim süresi 90 gün gibi kısa bir zamana çekildi. Gemlik Belediyesi'nin destekleri ile devlet tarafından inşaatın kısa sürede tamamlanması ve iç teşrifatının da bitirilmesinin ardından 2016 yılının Şubat ayı başında yeni okulda eğitime başlandı. Yeni binanın hizmete girmesiyle bahçenin ortasında kalan eski binanın yıkılma süreci başladı. 2016 yılı yaz aylarında resmi işlemler nedeniyle yetişmeyen yıkım işi, geçen hafta, öğrenciler yarıyıl tatilindeyken gerçekleştirildi.

Eski binanın yıkılmasından sonra Gemlik Belediyesi tarafından yapılan çevre düzenlemesi çalışmalarını Belediye Başkan Yardımcısı Vedat Büyükgölcigezli ve ilgili daire müdürleriyle birlikte takip eden Gemlik Belediye Başkanı Refik Yılmaz, Gemport Gemlik Anadolu Lisesi'ne öncelikle güzel bir bahçe düzenlemesi yapacaklarını ifade etti. Refik Yılmaz, daha sonra da okula kapalı spor salonu kazandıracaklarının müjdesini verdi.

Gemlik Belediyesi'nin okul bahçesini çevreleyen 1965 yılından kalma korkulukların da değiştirildiğini ifade eden Belediye Başkanı Refik Yılmaz, diğer okullara olduğu gibi binlerce mezunu olan eski adıyla Gemlik Lisesi'ne de Belediye olarak her türlü desteği vermeye devam edeceklerini ifade etti.